Jacques Sauniere, seorang kurator yang dihormati dari musium Louvre di Paris, telah dibunuh oleh seorang biarawan Opus Dei yang bernama Silas yang mengikuti perintah dari seorang pemimpin tak dikenal yang dipanggil dengan sebutan "Guru".
Robert Langdon, pakar simbologi Harvard ikut terlibat dalam penyelidikan ketika penyidik utama Bezu Fache menemukan pesan rahasia di dekat mayat Sauniere yang nampaknya mempunyai keterkaitan dengan Langdon. Tetapi Sophie Nevue, ahli kriptologi dari kepolisian prancis yang juga merupakan cucu Sauniere meyakini bahwa pesan rahasia itu ditujukan untuk dirinya.
Akibatnya, mereka berdua melarikan diri dari musium setelah menemukan sebuah kunci yang disembunyikan oleh Sauniere dibalik lukisan karya Da Vinci. Kunci itu membawa mereka ke batu kunci yaitu sebuah kotak kayu buatan tangan yang mengandung cryptex yang hanya bisa dibuka dengan memecahkan teka-teki yang membingungkan.
Batu kunci itu membuktikan bahwa Sauniere adalah pimpinan dari Priory of Sion (Biarawan Sion), suatu perkumpulan persaudaraan tua yang melegenda. Kumpulan ini mengemban misi mengamankan ‘cawan suci’.
Kedua buronan itu kemudia memutuskan untuk meminta perlindungan kepada salah seorang teman Langdon, seorang ahli sejarah dari oxford yang bernama Sir Leigh Teabing.Kemudian dengan bantuan petunjuk dari lukisan ‘The Last Supper” karya Da Vinci, Sir Leigh menerangkan bahwa cawan suci adalah kiasan dari Mary Magdalene.Biarawan Sion menjaga dokumen yang membuktikan bahwa Mary Magdalene adalah istri dari Yesus dan bahwa wanita itu melahirkan anak Yesus.
Di sini mereka diserang oleh Silas, tapi mereka berusaha mengalahkannya. Kemudian mereka terbang ke Inggris. Dalam penerbangan mereka berusaha memecahkan teka-teki itu, tapi mereka hanya mendapatkan cryptex yang lebih kecil. Atas nasihat Teabing mereka pergi ke Gereja Templar.
Disini mereka dikhianati oleh pembantu Teabing yang bernama Reme. Reme bersama Silas menculik Teabing dan mengambil cryptex. Langdon dan Sophie lalu berhasil memecahkan teka-teki itu dengan benar yang akhirnya membawa mereka ke makam Newton di Westminster Abbey.
Disini mereka ditangkap oleh Teabing alias “Guru” yang misterius itu. Namun keduanya berhasil diselamatkan oleh Fache dan Teabing ditangkap. Kemudian mereka mengikuti petunjuk hingga sampai ke Roselynn di Scotland.
Sophie terkejut ketika menemukan nenek dan saudara laki-lakinya tinggal di sana, setelah sebelumnya meyakini bahwa mereka telah meninggal akibat kecelakaan. Dari keduanya Sophie mengetahui bahwa dirinya juga merupakan keturunan dari Yesus. Langdon pergi setelah berjanji untuk menghabiskan liburan yang romantis bersama Sophie. Di Paris Langdon memperoleh ide, dan setelah mengikuti teka-teki dengan benar, dia menemukan bahwa makam Magdalene berada di tepat di tengah Louvre.